Le lac du Bourget est le plus grand lac naturel de France, à proximité duquel se côtoient environ 200.000 habitants. Outre le fait qu’il constitue le plus grand réservoir en eau douce de France, il est aussi un site d’une grande richesse naturelle et patrimoniale. Situé dans un territoire en plein développement, cet espace est soumis à de fortes pressions démographiques et urbaines qui représentent une menace pour son équilibre.

Dès les années 50, les premiers signes d’eutrophisation du lac du Bourget ont été constatés (diminution de la transparence, concentrations en nitrates et en phosphates élevées, raréfaction de l’oxygène en profondeur, prolifération des algues, diminution des captures de poissons « nobles ») et ce phénomène va s’amplifier jusque dans les années 80.

Grâce à l’ensemble des travaux réalisés par les collectivités locales depuis 1974, le dispositif d’assainissement sur le bassin versant comprend actuellement une vingtaine de stations d’épuration permettant la collecte des effluents de 90 % de la population du bassin versant. Ces aménagements ont permis, en 30 ans, de réduire de plus de 90 % les apports en phosphore.

Depuis 1981, un suivi de l’état trophique du lac a été mis en place pour évaluer l’incidence des travaux d’épuration après la réalisation des premiers ouvrages de dépollution. Sur un protocole proposé par le CEMAGREF, il consiste à mesurer quelques paramètres représentatifs de l’état trophique (transparence, chlorophylle, oxygène, nutriments).
Ce suivi dit allégé et réalisé par la CALB depuis 1980 a été amélioré grâce à la participation d’autres laboratoires (CEMAGREF, CERGRENE, Université de SAVOIE, INRA) au cours de trois périodes : 1982-1983, 1988-1989, 1995-1996 et 2004-2005.
Depuis 2004, un suivi régulier, des principaux compartiments biologiques est effectué, en plus des études physico-chimiques précitées. Ce suivi commandé par le CISALB est confié à l’INRA (responsabilité scientifique et coordination) mais élaboré par l’ensemble des partenaires INRA, CALB et CISALB.